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人类与黑猩猩的基因差异百分比通常被估计在1%到1.6%之间。这个数据来源于比较两个物种基因组序列的研究。例如，有研究表明，人类和黑猩猩基因组中有24亿个碱基能较好地匹配，其中含有约3%的差异。这意味着相似度大约是97%，换算成百分比即为97%，差异为3%。另一些研究则给出了更高的差异百分比，例如1.23%或1.6%。这些差异反映了两个物种在进化过程中的分化。需要注意的是，这些差异不仅包括编码蛋白质的基因序列，还包括基因组中的非编码区域和染色体结构的差异。